La Guardia Costiera Ausiliaria opera nel prestare la propria attività negli interventi relativi a emergenze in ausilio al Dipartimento di Protezione Civile e alla Guardia Costiera intervenendo con il proprio personale sia in mare, sia sulla terraferma.

L’organizzazione è inserita nella Colonna Mobile Nazionale di Protezione Civile della Regione Liguria. Tra le varie emergenze in cui è intervenuta figura il terremoto de L’Aquila, nonché gli eccezionali – e sempre più frequenti – eventi atmosferici che hanno flagellato recentemente la regione Liguria.